NOD2/CARD15 rs2066845 Single nucleotide polymorphism in children with acute appendicitis

S Büyükbeşe Sarsu*, S Görücü**, A Bayram***, S Dalkılıç***

*Gaziantep Children's Hospital
**Faculty of Medicine, University of Gaziantep
***Elazığ Health High School

Introduction: Innate immunity genes are known to effect the severity of Acute Appendicitis (AA). NOD2⁄CARD15 (nucleotide-binding oligomerization domain containing 2/caspase recruitment domain 15) gene has a function in innate immune system, and it is expressed in large amounts in antigen-presenting macrophage-like cells, peripheral blood lymphocites and intestinal Paneth cells. rs2066845 polymorphism on this gene has been correlated with inflammatory bowel disease (IBD) and development of rejection after intestinal transplantation. This polymorphism may be effective on AA and provide a new data to stimulate future debate and genetic investigations of AA.

Methods: Study population consisted of 50 (31 boys and 19 girls)  children with AA, and 49 (21 boys and 28 girls) healthy children. DNA was extracted from peripheral blood. The rs2066845 is localized on NOD2/CARD15 gene and was analyzed using PCR, and RFLP techniques.

Results: A statistically significant difference did not exist between the patient and the control groups as for age, and gender (p>0.05). Besides, a correlation was not detected between groups for age, gender, routine laboratory parametres, and allele-genotype frequencies. CRP, and WBC were statistically significantly higher in the patient group when compared with the control group (p<0.001). In the study group, allele, and genotype frequencies did not differ as for NOD2 polymorphism (p>0.05). The genotype frequencies of patient group were in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) but not in the control group.

Conclusions: Although NOD2⁄CARD15 polymorphism is a biologically important SNP in IBD, in our study, it was not determined as a risk factor for AA. The results obtained may be a guiding tool for further studies. Investigations may focus on new molecular alternatives as other SNPs of the NOD2 gene. Further studies in larger study populations should be performed to define the association between genotype and phenotype, and also to investigate polymorphisms in innate immunity genes in AA.  

Keywords:

Akut apandisitli çocuklardaki NOD2/CARD15 rs2066845 tek nükleotid polimorfizmi

S Büyükbeşe Sarsu*, S Görücü**, A Bayram***, S Dalkılıç***

*Gaziantep Çocuk Hastanesi
**Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi
***Fırat Sağlık Yüksek Okulu

Giriş: Doğal immünite genlerinin  Akut Apandisit’in (AA) ciddiyetini etkilediği bilinmektedir. NOD2⁄CARD15 (nucleotide-binding oligomerization domain containing 2/caspase recruitment domain 15) geni doğal bağışıklık sisteminde görevlidir ve antijen sunan makrofaj benzeri hücreler, periferal kan lenfositleri ve intestinal Paneth hücrelerinde yüksek oranda eksprese edilir. Bu gendeki rs2066845 polimorfizmi, inflamatuvar barsak hastalıklarında (IBD) ve barsak transplantasyonu sonrası rejeksiyon gelişimi ile korelasyon göstermektedir. Bu polimorfizm  AA'de etkili olabilir ve AA genetik araştırmalarında ileriki tartışmaları stimule etmek için yeni veriler sağlayabilir.

Gereç ve Yöntemler: Çalışma populasyonu, AA'li 50 (31 erkek ve 19 kız) çocuk ile sağlıklı 49 (21 erkek ve 28 kız) çocuktan oluşmaktadır. DNA, periferal kandan elde edildi. NOD2/CARD15 geni üzerinde yerleşmiş bulunan rs2066845, PCR-RFLP tekniği kullanılarak analiz edildi.

Bulgular: Hasta ve kontrol grubu arasında yaş ve cinsiyet bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmedi (p>0.05). Aynı zamanda yaş, cinsiyet, rutin laboratuvar parametreleri ve allel-genotip frekansları bakımından gruplar arasında korelasyon tespit edilmedi. CRP ve WBC değerleri hasta grubunda, kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı olarak tespit edildi (p<0.001). Çalışma grubunda, NOD2 polimorfizmi için allel ve genotip frekansları bakımından farklılık tespit edilmedi (p>0.05). Genotip frekansları bakımından hasta grubu Hardy-Weinberg dengesinde (HWE) olmasına rağmen kontrol grubu dengede değildi.

Sonuçlar: NOD2 ⁄CARD15 polimorfizmi IBD, biyolojik olarak önemli bir SNP olmasına rağmen, çalışmamızda AA için risk faktörü olmadığı tespit edildi. Bu sonuçlar, daha ileri araştırmalar için yol gösterici olabilir. Araştırmalar, NOD2 geninin diğer SNP’lerinin araştırılması gibi yeni moleküler seçenekler üzerine odaklanabilir. Genotip ve fenotip arasındaki birlikteliği tanımlamak ve AA'de doğal immünite genlerindeki polimorfizmi araştırmak için daha büyük çalışma gruplarında daha ileri çalışmalar yapılmalıdır.

 

 

 

 

 

Anahtar Kelimeler: